Théoriquement simple, elle est multiple dans ses applications et concerne tout particulièrement une protection contre les microorganismes; elle constitue le grand chapitre de l'hygiène des aliments.
Sans l'examiner en détail, rappelons ses grands principes schématisés dans la "formule" de l'hygiène :
Ces principes sont à mettre en oeuvre à chaque maillon de la chaîne alimentaire :
Limitation des apports microbiens :
1. Matières premières : choix, contrôle.
2. Matériel, équipement : conception, nettoyage et désinfection.
3. Méthodes : process.
4. Milieu environnant : extérieur, intérieur; protection contre les animaux et leurs matières fécales (mouches, oiseaux, rongeurs,...).
5. Manipulateurs : souillures par les mains, formation, HACCP.
Ralentissement de la croissance microbienne, le recours à 7 moyens :
1. Abaissement du pH.
2. Modification de l'atmosphère par conditionnement adapté (atmosphère conditionnée, gaz carbonique, vide; conditionnements actifs).
3. Inhibition de la croissance microbienne par recours à des composés chimiques conservateurs (liste limitative).
4. Concurrence microbienne favorisée (études écologiques, ajouts de microorganismes probiotiques bénéfiques, au rôle compétitif).
5. Abaissement de la disponibilité de l'eau en jouant sur l'A w (dessiccation, sel, sucre, carraghénates, congélation).
6. Abaissement de la température de conservation (réfrigération rapide, continue, basse).
7. Limitation de la durée de conservation (DLUQ, DLC).
Destruction des éléments pathogènes (formes végétatives, spores, toxines).
Recours à des moyens :
1. Mécaniques : filtration, ultrahaute pression.
2. Physiques : chaleur, ionisation.
3. Chimiques : bactéricides, additifs autorisés.
Protection de l'aliment par un conditionnement précoce et permanent (plastique, aluminium,...).
La prévention de la contamination microbienne aboutit à proposer au consommateur un aliment sain, ce qui ne signifie pas "aliment stérile", au contraire celui-ci doit comporter des espèces qualifiées de saprophytes et qui viennent participer à l'écosystème intestinal.
Il ne faut pas oublier que l'intestin héberge des milliards de microorganismes jouant des rôles physiologiques et immunologiques bénéfiques. Rappelons que notre "soma" comporte environ 1012 cellules opposables aux 1014 microorganismes intestinaux, et comparons le génome humain avec ses 35.000 gènes au "bactériome" microbien s'élevant à plus d'un million.
Les pathogènes ont d'ailleurs dans cet ensemble un rôle actif dans la mise en place du système immunitaire, en sorte que leur présence dans le bol alimentaire est souhaitable et que le v"u de tolérance zéro de ces germes est non seulement illusoire mais contraire au bon fonctionnement de l'organisme pour les sujets ayant un système immunitaire normal.